Die Ortsflur von Kirch Jesar erstreckt sich südlich des Schweriner Sees in der Landschaft „Südwestliches Altmoränen- und Sandergebiet“, die mit der östlich angrenzenden „Lewitz“ und den südlich anschließendem „Südwestliche Talsandniederungen mit Elde, Sude und Rögnitz“ den westlichen Teil der Landschaftszone „Vorland der Mecklenburgischen Seenplatte“ bilden. Wie alle anderen benachbarten Landschaften Nordostdeutschlands ist das heutige Landschaftsrelief ein Ergebnis des Wechsels von Warm- und Kaltzeiten, im letzten Erdzeitalter dem sog. Quartär, mit verschiedenen Gletschervorstößen aus dem Ostseeraum bis tief in das norddeutsche Tiefland.
Der Untergrund in der Umgebung von Kirch Jesar wird durch den Eisvorstoß der vorletzten Kaltzeit, der Saale-Eiszeit (ca. 300.000 - 130.000 v. Chr.), geformt und ähnelt in seinem Oberflächenrelief zunächst den nördlich anschließenden Landschaften vom Schweriner See bis an die Küste. Nach dem Rückgang der Gletscher wird die hier entstandene Grundmoränenlandschaft in der daran anschließenden Eem-Warmzeit (ca. 130.000–115.000 v. Chr) durch flächige Erosion und Anlagerung von Flugsanden überprägt und erhält in der folgenden Weichsel-Kalteiszeit (ca. 115.000–10.000 v. Chr.) schließlich ihre heutige Oberflächengestalt, als sich die Gletscher nochmals vom Ostseebecken aus nach Süden bis an das Südende der heutigen norddeutschen Seenlandschaften und hier dem Schweriner See vorschieben. Eine starke Erosion, angetrieben durch Frost, kalte Winde und abschmelzendes Gletscherwasser sowie die Auflagerung enormer Mengen von Sand, Kies und Geröll bilden das heute flach wellige Geländerelief dieses südwestlichen Altmoränen- und Sandergebiets aus, in dem die Flüsse Boize, Schaale, Schilde, Motel, Sude und Rögnitz sowie zahlreiche zuführende Bäche und kleinere Rinnsale in Schmelzwasserabflussbahnen der Elbe zu fließen.
Abfließendes Schmelzwasser vom Rand der Gletscherzunge über dem Schweriner See hat die südlich anschließende Altmoränenlandschaft trichterförmig ausgeräumt, dessen nach Südwesten verlaufende Grenze heute durch das Siebendörfermoor zwischen Görries, Klein- und Groß-Rogahn und Stralendorf und ab Warsow durch das Tal der Sude markiert wird, während der Südostrand dem Rand der Lewitz folgt auf einer Linie Pinnow – Crivitz – Tramm - Raduhn, dann unterbrochen vom Eldetal bei Parchim und südlich der Linie Spornitz zu den Ruhner Bergen. Die Entwässerung des Gletschwassers teilt sich im Verlaufe der Zeit: die Hauptentwässerung erfolgt über die Lewitz, die heute durch das flache Relief und durch den hohen Grundwasserspiegel zahlreichen Kanälen, Wassergräben und –rinnen geprägt ist. Den Westrand bildet eine deutlich erkennbare Geländestufe östlich der A14 in der Linie Plate – Mirow – Goldenstedt – Fahrbinde – Dreenkrögen, um dann bei Wöbbelin zu verflachen. Westlich dieser Linie liegen die Quellbereiche der Bäche, die das Entwässerungssystem der Kirch Jesarer und seinen Nachbargemeinden bilden und weiter westlich in die Sude münden: Klüßer Mühlenbach, Kraaker Mühlenbach und der Neue Kanal, bzw. im Unterlauf Strohkirchener Bach genannt mit ihren kleineren zufließenden Bächen.
Hinter dem alten Ortskern rund um die Kirche fällt der südwestliche Teil der Gemarkung ab zu einem Niederungsbecken zwischen der Einmündung des schwarzen Grabens, des Klüßer Mühlenbaches und des Kraaker Mühlenbaches in die Sude, die hier auf kurzer Strecke ein kurzes Stück der westlichen Gemarkungsgrenze bildet. Die Ausbildung des Sees steht in direktem Zusammenhang mit der Entstehung dieses kleinen Becken durch die Kraft der hier ursprünglich stärker entwässernden Bäche und einem deutlich höheren Grundwasserspiegel. Die weitläufigen Niedermoorflächen zur Sude hin wurden durch tiefgreifende Entwässerungsmaßnahmen für die Landwirtschaft nutzbar gemacht. Der übrige Teil der Gemarkung steigt leicht nach Nordosten zu dem überwiegend mit Wald und Heide bestandenen und durch die feuchten Bachniederungen zergliederten Nord- und den Ostteil der Gemarkung an. Dieser besteht aus Sand-Gley-, bzw. Braunerde-Gley-Böden eines wenig fruchtbaren, nähstoffarmen Bodentyps, der sich auf den flachwelligen Sandern gebildet hat, aber ganzjährig Grundwasser führt.
Der wahre Bodenschatz unserer Ortsflur ist das Wasser in Form von Grundwasser und den vielen kleinen über die Sude zur Elbe entwässernden Fließgewässern. Davon ist leider schon einiges, wie die Geschichte des Sees von Kirch Jesar mahnt, verlorenen gegangen. Die kargen sandigen Böden sind nur eine ärmliche Dreingabe.